【東大研究】縄文時代草創期から早期の約1万3000～8000年前に人口急増か…縄文人骨のゲノム解析、東日本の集団で急激な人口拡大

現代の日本人の遺伝情報には縄文人や渡来人などのものが含まれており、縄文人だけの情報をゲノム解析で抽出するのは難しい。また、縄文人のミトコンドリアDNAは、東日本と西日本の集団で異なることが知られている。ただ、2つの集団が別の起源を持つのかなどは分かっていない。

東京大学の太田博樹教授や吉田光希さんらは、日本各地で出土した計40人の縄文人の骨の化石についてミトコンドリアDNAを解析した。すると縄文草創期から早期に当たる約1万3000～8000年前に、急激に人口が増えた可能性があると分かった。特に東日本の集団で大きく増えたとみられる。（以下ソース）

2026年2月9日 18:31
https://www.nikkei.com/article/DGXZQOSG011ZW0R00C26A2000000/

縄文人の人口動態については、遺跡数などの考古学的指標にもとづく推定が過去に行われましたが、その後、考古学や遺伝学のデータが大きく蓄積されたにもかかわらず、日本列島全体をカバーする包括的な人口史の再検討は十分に行われてきませんでした。DNA解析技術の発展に伴い、現代日本人のDNA配列情報にもとづいて日本列島の人口史を推定する試みがなされた研究もありました。しかし、現代日本人は縄文人と渡来人（注5） の交雑によって形成された集団であるため、現代日本人の塩基配列から推定される人口動態には縄文人と渡来人の両方の人口史が混在し、縄文人単独の人口史は、これまで分かっていませんでした。

さらに、縄文人の起源についても長年議論が続いてきました。縄文人のmtDNAにはM7aとN9bという2つの主要な系統があります。東日本ではN9b、西日本ではM7aが多いことから、異なる地域から2つの祖先集団が日本列島に入ってきたという「複数移住説」が唱えられてきました。近年、縄文人の核ゲノム解析が進み、縄文人が単一起源の系統から日本列島に拡散した可能性が高いことが示されてきました。もしそうであれば、mtDNAの東西差は複数移住の結果ではなく、単一集団が拡散する過程で生じた遺伝的浮動によって説明できるかもしれません。しかし、この仮説は未だ検証されたことはありませんでした。

この度、本研究チームは、縄文人のmtDNA全塩基配列を大規模に解析することで、縄文人の人口史と起源を、初めて縄文人自身のゲノムにもとづいて検証しました。本研究チームは、千葉県市原市から出土した縄文人13個体について、mtDNA全塩基配列を新たに高精度で決定しました。既出のデータを含む40個体の縄文人のmtDNA全塩基配列にもとづきN9bとM7aの分布を調べたところ、東日本ではN9b、西日本ではM7aが多いという従来知られていた傾向が、統計的にも有意であることが確認されました。系統ネットワーク解析では、N9bの中に星状に広がる構造が見られた一方、M7aでは同様の構造は見られませんでした（図2）。星状に広がる構造は、現代日本人など、急速な人口増加を経験した集団に多く見られることが知られています。N9bにのみ本構造が見られたということは、当系統の頻度が高い東日本の縄文人集団における急激な人口拡大を示唆するものです。

両系統の分岐年代を推定した結果、N9bは約2万3千年前、M7aは約2万6千年前に生じたと推定され、いずれも後期旧石器時代にさかのぼります。この年代は、縄文人が東ユーラシア集団から分岐したとされる時期と重なっており、両系統がほぼ同時に日本列島へ入ってきた可能性を示しています。したがって、N9bとM7aが異なる移住波を反映しているとは必ずしも言えません。この点を検証するため、本研究チームは、縄文人が単一の祖先集団から分かれたという仮定のもとで、M7aとN9bの東西頻度差がどの程度生じうるかをシミュレーションで評価しました。その結果、①初期集団の規模が小さい、②集団サイズが極端に不均等な状態で東西集団に分かれる、③両者の間の移動が少ない、という条件がそろえば、単一起源であっても現在観察されるほど大きな頻度差が約3割の確率で生じうることが示されました。これは、N9bとM7aの偏った分布が、複数の移住ルートを仮定しなくても説明できることを意味します（図3）。（以下ソース）

2026.01.30
https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/11054/